Le 11 juin 1944, le Red Ensign de la Marine marchande a été présenté à l’église anglicane All Saints en l’honneur des hommes de la Marine marchande et il est resté en place jusqu’à ce qu’il se désintègre. Le pavillon est rouge et porte un Union Jack à la hampe. Étant donné qu’elle se trouvait à proximité de Fort Osborne, l’église anglicane All Saints était connue à ses débuts comme « l’église militaire » et comptait de nombreux militaires parmi ses paroissiens.
En 1870, le Service de la Marine canadienne a commencé à porter un pavillon bleu pour indiquer le statut gouvernemental spécial de ses navires. Lorsque le Service naval du Canada a été créé le 4 mai 1910, cette pratique s’est poursuivie. Lors de la Conférence impériale de 1911, le Canada a signé un accord naval stipulant que les navires de guerre canadiens porteraient le pavillon blanc (naval) de la Royal Navy à la poupe et le drapeau du Dominion (le pavillon bleu canadien) à la hampe installé à la proue. Les navires marchands canadiens, eux, continueront d’afficher le drapeau rouge familier, indiquant leur statut non gouvernemental. Le Red Ensign de la Marine marchande a été arboré jusqu’à la fin de la Seconde Guerre mondiale.
La flotte marchande constituée pendant la Première Guerre mondiale a presque disparu dans les années 1920 et l’immense flotte de navires constituée pendant la Seconde Guerre mondiale a été rapidement dispersée à la fin de la guerre. Bien que les navires canadiens ont continué de naviguer les océans, la plupart d’entre eux battent pavillon d’un pays étranger. À la fin de la guerre, on croyait fermement au Canada qu’il devrait toujours exister une flotte marchande battant pavillon canadien qui procurerait du travail aux marins marchands ainsi qu’à d’autres ouvriers dans la construction navale et l’entretien des infrastructures requises.
Le gouvernement a décidé que des navires canadiens coûteraient cher à exploiter et, devant la perspective de devoir en subventionner l’exploitation, a permis que les navires soient vendus ou qu’ils naviguent battant pavillon de pays étrangers. La grande flotte canadienne et l’industrie de la construction navale ont connu ainsi un déclin rapide. En 1950, alors qu’éclatait la guerre de Corée, il ne restait que peu de navires marchands pour prendre part au conflit. Douze navires battant pavillon canadien ont servi dans les eaux coréennes au cours de la guerre et cette participation n’a heureusement donné lieu à aucune perte.
